Lite svårt att svara på din fråga för det är ju en smaksak. Det smidigaste är att ha kvar ölet på fat och bara flaska de flaskor du behöver för just det tänkta tillfället. Det tar ganska lång tid att flaska från fat till flaska för att inte tappa så mycket kolsyra i flytten. Jag antar att du kör via fat först för att slippa bottensediment i flaskorna, annars hade jag rekommenderat att kolsyrejäsa direkt på flaska om du ändå ska köra hela satsen den vägen. Att ta omvägen via fat är om möjligt ännu tråkigare än att flaska till flaskkolsyrejäsning =)
När det gäller själva lagringstiden så brukar man säga att öl trivs i sällskap, dvs att förvara den i en stor behållare blir bättre än i en liten. Och om du har möjlighet till kylning av fatet så kan du kallkrascha ölet direkt i fatet i några veckor så kommer du få ett väldigt klart och fint öl. När jag läser mellan raderna så verkar du vilja ha bort ölet från faten mest för att slippa köpa fler fat, eller? Annars så kan den väl få vara kvar i fatet??
I vilket fall som helst så rekommenderar jag att flaska med en sånhär med sytråd:

En bit ölslang (PE-3/8) och silikonpropp (22/17 mm). Man borrar ett hål (ca 1mm) längs med slangen i silikonproppen och vips så har man en mottrycksfyllare.